Muchas veces me encuentro con archivos con objetos en blanco que han quedado involuntariamente con sobreimpresión, de manera que al ser blancos sin reserva no salen.
La nueva versión de illustrator CC (albrícias) en el cuadro «ajustar página» hay una casilla nueva donde pone «Descartar sobreimpresión en blanco en salida». Normlmemente la casilla viene activada por defecto pero mejor mirarlo para ahorrarnos repeticiones de trabajos y sorpresas.